A Assessoria de Assuntos Estratégicos tem como funções articular e elaborar minutas de convênios e contratos, elaborar e organizar documentos básicos da universidade, tais como estatutos e regimentos. Também é função da Assessoria de Assuntos Estratégicos assessorar o reitor em reuniões dos Órgãos Colegiados da UFT, preparar documentos a serem encaminhados ao reitor e viabilizar a Fundação de Apoio Científico e Tecnológico do Tocantins (FAPTO).